柴油發電機組在運行中，會產生大量的熱量，需要冷卻水碓柴油發電機組進行冷卻，冷卻水將柴油發電機組的熱量帶走，同時從從柴油發電機組出來的高溫冷卻水也需要一種冷卻媒介冷卻它，一般常用的方法有兩種：一種是柴油發電機組帶動之風扇對水箱內高溫的冷卻水進行冷卻，俗稱風冷，另一種是通過水池或冷卻塔的水來冷卻柴油發電機組內部的冷卻水，俗稱水冷。   
風冷和水冷各有長處，我們可根據其使用環境而作出選擇，一般機組需要經常搬遷，宜選擇風冷，若長期固定不動，則宜選擇水冷。選擇水冷，因為拆卸了風扇和冷卻水箱，可以減低機組噪音10分貝左右，同時，風扇所消耗的功率約為機組額定功率的5%，一般在天氣炎熱的地區，柴油發電機組水溫往往越出額定范圍，從而造成柴油發電機組高溫運行，而水冷則可以人為的控制水溫高低，冷卻則受限制。
冷卻原理如下：柴油發電機組工作時產生的熱水從柴油發電機組進行冷卻。熱交換器，熱交換器的冷卻管內的水冷卻柴油發電機組的循環熱水，柴油發電機組的循環熱水被冷卻后送到熱交換器的冷卻管。柴油發電機組的水溫可通過調節水閥的開啟進行調整，過濾網對冷水進行過濾，然后再進入熱交換管內。水冷工程科保證柴油發電機組在85-90攝氏度的較佳水溫工作。